对Foxmail Server邮件服务器的管理分为“系统管理”和“域管理”两个层面。在系统管理中进行的设置将对邮件服务器生效，而在域管理中进行的设置仅对选定的域有效。用户可以通过两种方式管理邮件服务器，即“登录WebMail管理页面”和“登录本机管理程序”。其中，登录WebMail管理页面方式较为便利。

系统管理的权限包括管理邮件服务器、添加或删除域、更改指定域的管理员口令等，不过在WebMail方式下无法更改指定域的名称。以登录系统管理WebMai页面为例，操作步骤如下所述：
第1步，在客户计算机中打开Web浏览器，在地址栏输入系统管理WebMail页面地址（如http://mail.msserver.com.cn/sysadmin）并回车。打开系统管理员登录页面，在“密码”编辑框中输入事先设置的系统管理员密码，并单击“登录”按钮。

第2步，打开“Foxmail Server系统管理”页面，在该页面中可以修改系统管理员密码、开启或关闭用户自由注册功能、发送系统广播邮件等。